En Tumbes también se encuentran diversos ecosistemas como los esteros y manglares, el bosque seco ecuatorial (Parque Nacional Cerros de Amotape) y el bosque tropical del Pacífico (Zona Reservada de Tumbes). Más del 30% del territorio ha sido declarado Área Natural Protegida.

El Parque Nacional Cerros de Amotape (91.300 ha) se ubica en el límite de los departamentos Tumbes y Piura y reúne una gran diversidad biológica. La fauna silvestre es muy variada, con especies como el cóndor andino, el tigrillo, el venado rojo, el sajino, el oso hormiguero norteño, el oso de anteojos, el venado gris y la ardilla de nuca blanca.

El Santuario Nacional de los Manglares de Tumbes (2972 ha), compuesto de formaciones vegetales en forma de extensos bosques acuáticos que crean un singular ambiente entre el río y el mar, es hábitat de tijeretas, garzas y diversas aves.

La proximidad a la Línea Ecuatorial hace de las playas de Tumbes, un lugar ideal para la práctica del surf, el buceo, la pesca, o simplemente para los veraneantes en busca de sol y calor. Punta Sal es considerada una de las mejores playas del Perú por su arena blanca y su rica vida marina; la caleta Zorritos es conocida por su mar tranquilo y la variedad de peces.

Al norte de la ciudad de Tumbes se encuentra Puerto Pizarro, famosa por sus islas y por un criadero de cocodrilos tumbesinos, especie única en el Perú y en peligro de extinción. Es también un lugar donde se pueden encontrar abundante conchas negras y cangrejos, base de la exquisita gastronomía local.