Lo vieron volver. Edison Flores tomó la decisión de volver al equipo de sus amores, de volver a Universitario de Deportes, y de volver a ser parte del equipo que dirige el técnico que lo hizo saltar al debut profesional.

Pasaba el año 2011, y tras sus buenas actuaciones en la Copa Federación y habiendo ganado en la Noche de Estrellas como mejor jugador de su categoría, fue convocado a la Selección Peruana Sub 17 para disputar el sudamericano. Perú no obtuvo clasificación alguna, pero se pudo destacar el juego de dos desconocidos en la órbita del fútbol peruano profesional: Edison Flores y Andy Polo, jugadores de Universitario.

Ese mismo año, Edison debutó en el primer equipo crema gracias al ‘Chemo’ Del Solar, quien tras el sudamericano lo invitó inmediatamente a entrenar en el equipo profesional. ‘Chemo’ quedó satisfecho e hizo que jugará su primer partido profesional con él.

También en el 2011, realizó una espectacular Copa Libertadores Sub 20, donde precisamente el equipo de Universitario de Deportes se alzó como campeón del primer certamen realizado para dicha categoría. Inclusive, Edison Flores fue nombrado como el mejor jugador de aquel torneo.

Sus buenas actuaciones fueron destacando, y ello le permitió pegar el salto al viejo continente. Destacó en la Selección Sub 20 que dirigió Daniel Ahmed en Argentina. Jugó para el Villarreal B de España, e incluso llegó a jugar en el equipo profesional en un amistoso. En los últimos meses no obtuvo la continuidad que él deseaba y decidió regresar a Universitario, donde quiere pulir mucho más su fútbol y poder estar con la Selección absoluta de Perú.