Tras ganar las elecciones, el hoy cuestionado dirigente se hizo cargo del club en el 2009, teniendo un año agridulce en lo que respecta el ámbito deportivo.

Y es que tras pelear el descenso en el 2008, Alianza Lima fue protagonista del Descentralizado en el 2009 e incluso llegó a la final del campeonato, la misma que perdió ante Universitario de Deportes en dos finales.

Para el 2010, los victorianos cumplieron un papel destacable en la Copa Libertadores, alcanzando los octavos de final y siendo eliminados de forma polémica por la Universidad de Chile. En el torneo local quedaron terceros.

En el 2011, la participación en la Copa no fue la misma de la temporada pasada y se despidieron en la primera ronda. Para el Descentralizado, Alianza Lima volvió a llegar a la final, pero una vez más la perdió, esta vez ante Juan Aurich.

En el 2012, los malos manejos económicos de Guillermo Alarcón terminaron por explotar y el equipo fue perdiendo desde inicio de año a cada una de sus figuras, incluso también algunos puntos en el campeonato, lo que los llevó a acabar en la decimocuarta posición.