Fue recibido por el presidente Fernando Belaúnde, el Arzobispo de Lima Juan Landázuri Ricketts, el Nuncio Apostólico Mario Tagliaferri y otras autoridades políticas y eclesiásticas.

Luego del recibimiento, Juan Pablo II se dirigió hacia la antigua Catedral de Lima, donde ofició una misa con sacerdotes, diáconos y religiosos en honor a Nuestra Señora de la Evangelización, patrona de la Arquidiócesis de Lima y a quien coronó solemnemente.

También veneró las reliquias de los santos peruanos Santa Rosa de Lima, San Martín de Porres, San Juan Masías y Santo Toribio de Mogrovejo. Al finalizar fue recibido en Palacio de Gobierno.

En la mañana del sábado 2 de febrero, Juan Pablo II recibió a un grupo de polacos residentes en el Perú para luego viajar a Arequipa. En esta ciudad se llevó a cabo la coronación de la Virgen de Chapi y la beatificación de Sor Ana de los Angeles Monteagudo.

A su regreso a Lima, se produjo un multitudinario encuentro con los jóvenes en el Hipódromo de Monterrico y en presencia del Señor del Santuario de Santa Catalina.

A las 8:30 am del 3 de febrero arribó al Aeropuerto Internacional Alejandro Velasco Astete de la ciudad del Cusco. Allí fue declarado Ciudadano de Honor. Posteriormente celebró misa en la fortaleza inca de Sacsayhuamán y coronó a la Virgen del Carmen de Paucartambo.

Continuó su peregrinaje hacia Ayacucho, cuna de la violencia terrorista maoísta, donde dirige un mensaje pidiendo cambiar de camino. Es recibido con estrictas medidas de seguridad por el Arzobispo de Ayacucho Federico Richter Prada y por el general Wilfredo Mori, jefe político-militar de la zona y también de Arequipa e Ica.

El 4 de febrero visitó Callao, junto con Monseñor Ricardo Durand Flórez, donde concelebraron una cena eucarística. También se encontró con el Señor del Mar y la Virgen del Carmen de La Legua y recorrió los hospitales de la localidad. Prosiguió su visita a Piura y luego a Trujillo, donde se reunió con los cristianos en el óvalo que hoy toma su nombre.

Su última actividad en Lima fue el martes 5 de febrero con los pobres, con una liturgia en una explanada en los arenales de Villa El Salvador. Luego se dirigió al aeropuerto para viajar a Iquitos, donde los lugareños lo rebautizaron como el Papa Charapa, partiendo hacia Trinidad y Tobago a la 1 pm.