Tras ganar la Copa Perú en el año 2000, el Estudiantes de Medicina formaba parte de la élite del balompié inicial. Su inicio dejó algunas dudas y lo más sobresaliente fue un triunfo de 2 a 1 sobre Universitario de Deportes en el Estadio Monumental.

Los iqueños no lograron encadenar buenos resultados y pusieron en riesgo su permanencia al quedar penúltimos en el Apertura con solo 20 puntos. En un intento por salvarse, la dirigencia contrató a Franco Navarro y una serie de jugadores de experiencia para que logren dicho objetivo.

Estudiantes de Medicina logró hacer un gran Clausura que no solo le permitió salvar la categoría, sino que lo llevó a pelear el título de dicho torneo, quedando en el primer lugar junto a Cienciano con 45 puntos.

Cusqueños e iqueños definieron al campeón en Arequipa. Los ‘rojos’ se impusieron 1 a 0 y clasificaron a la Copa Libertadores.

Pero Estudiantes de Medicina tuvo la oportunidad de asistir al certamen copero como Perú 3 en un duelo de definición con Sporting Cristal. Los sureños ganaban el partido de ida por 4 a 0, pero los bajopontinos reaccionaron en los últimos 10 minutos y terminaron descontando por 4 a 3.

En el choque de vuelta, todo fue para el equipo celeste que logró una cómoda victoria de 3 a 0.

En las siguientes temporadas, Estudiantes de Medicina logró regulares campañas y ubicándose a mitad de tabla. Lo más sobresaliente de sus participaciones fue una contundente victoria de 8 a 0 sobre el Sport Coopsol en el 2002.

Lastimosamente para los iqueños en el 2004 entraron en una grave crisis económica que los obligó a fusionarse con el Miguel Grau de Ica. La escuadra pasó a llamarse Estudiantes Grau y cambió su sede a Piura.

El híbrido no dio resultados y no solo cayó en el fondo de la tabla, sino que se retiró del torneo a falta de cuatro fechas para que este acabe.

Este retiro le costó a Estudiantes de Medicina una suspensión de cuatro años, volviendo a participar en el 2008 en la Liga de Ica, pero los problemas económicos volvieron a agobiarlo y en el 2011 no pudo participar, siendo relegado a la Segunda División de la Liga de Ica en donde se encuentra hasta la fecha.