El hoy exitoso entrenador argentino estuvo a cargo de cuatro equipos nacionales, logrando dejar huella con su particular forma de dirigir y exigir a sus jugadores.

En el 2002 llegó a Chiclayo para tomar las riendas del Juan Aurich, siendo este su primer club profesional en el que iba dirigir. Su estancia en el ‘Ciclón’ no fue muy prolongada, ya que solo lo dirigió 8 partidos, logrando apenas una victoria.

Pese a los malos resultados en el cuadro norteño, Jorge Sampaoli no demoró mucho en encontrar otro equipo peruano al cual entrenar y en ese mismo año 2002 asumió la dirección técnica del Sport Boys, con un saldo de 7 partidos ganados, 8 empatados y 7 perdidos.

Para el 2003, el cuadro rosado pelea los primeros lugares con el estratega argentino en su dirección técnica, pero la huelga de futbolistas impidió que el torneo se termine y con ello vieron frustrados sus aspiraciones de clasificar a un torneo internacional.

En los años 2004, 2005 y 2006 estuvo en el Bolognesi de Tacna, donde participó en dos ediciones de la Copa Sudamericana y peleando el título nacional del 2006 hasta la última fecha, donde necesitaban ganar a la San Martín para proclamarse campeones, pero terminaron cayendo 2 a 0 en Lima.

Para el 2007, su buena campaña con el club tacneño le valió ser contratado por Sporting Cristal, donde los resultados no lo acompañaron, dirigiendo 17 partidos, de los cuales solo ganó 4, empató 6 y perdió 7.

Mucho se especuló que la exigencia en los trabajos de Jorge Sampaoli y el hecho de querer entrenar a doble horario causaron malestar en los principales referentes bajopontinos de aquel entonces.

Tras su salida de Cristal, el argentino pasó por el fútbol ecuatoriano y chileno, lo que le valió ser tomado en cuenta para la selección del país del sur y disputar hoy en día el Mundial de Brasil 2014.