Un 29 de junio del 2004 en el estadio de Argentinos Juniors, Messi fue convocado por Hugo Tocalli para disputar el amistoso que aquel equipo Sub 20 goleó 8-0 a Paraguay.

En aquella ocasión Messi ingresó con la camiseta 17, en el segundo tiempo de un encuentro con apenas 200 espectadores, en lugar de Ezequiel Lavezzi.

Cuatro días después tuvo su primer partido como visitante al enfrentarse en otro amistoso a Uruguay, en Colonia, donde reemplazó a Pablo Vitti, en la victoria 4-2 del conjunto argentino.

Desde entonces Leo ya disputó representando a su país dos Mundiales en Alemania 2006 y Sudáfrica 2010, fue subcampeón en la Copa América de Venezuela 2007 y quedó eliminada en cuartos de final de la siguiente edición con Argentina como anfitriona.