La historia del turco-alemán nace desde el FC Nurenmberg en 2009, donde jugó por dos años hasta que en el Borussia Dortmund se dieron cuenta de sus habilidades y no dudaron en contar con él para la temporada 2011/2012.

En la primera temporada con el Dortmund , Gündoğan logró el doblete (Liga y Copa) e hizo olvidar a Nuri Sahin, quien se había ido al Real Madrid. Sus buenas actuaciones con el cuadro de Westfalia hicieron que se gane un lugar con la Alemania en la Eurocopa del 2012.

En el 2013 comandó el mediocampo del Dortmund de cara a la final de la UEFA Champions League contra el Bayern Múnich. Actualmente es considerado como el reemplazante natural de Bastian Schweinsteiger en la selección germana .

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