El Consejo Nacional de la Magistratura también incluyó en la investigación a los demás integrantes de esa instancia judicial. El caso estará en manos de la Comisión de Procesos Disciplinarios de dicho órgano.

La comisión estará presidida por Máximo Herrera Bonilla e integrada por Pablo Talavera y Luz Marina Guzmán Díaz. Tiene por objeto determinar si hubo infracción a la Constitución y la ley al momento de emitir el fallo.

La investigación durará 30 días, periodo en el cual se recogerán los descargos de los magistrados supremos, incluido Villa Stein, tras lo cual se determinará si se iniciará un proceso disciplinario.